Pronto se advierte la transformación del centro: hay orden y limpieza, y sobre todo, un trato delicado y de entrega paciente para los más necesitados. El cargo que le asignan oficialmente es el de “Pasionero” o Capellán del Hospital. Su labor no es bien vista por parte de algunos de los empleados, vagos y corruptos, y debido a eso y otras dificultades, la rama masculina de la “Hermandad” irá desapareciendo poco a poco hasta extinguirse en enero de 1808.

   El viejo edificio es bombardeado y volado, quedando en ruinas durante el Primer Sitio. Son los momentos de más trabajo para el Padre Bonal y sus “Hermanas de la Caridad”, llevando sin descanso el traslado y acomodo de los enfermos, entre las explosiones y las ruinas, con gran peligro de sus vidas. Edificios públicos como la Real Audiencia, la Lonja y el Ayuntamiento, junto a las casas de los nobles y particulares, hacen de refugio provisional en este apresurado y trágico desalojo. Pasados unos días los enfermos son reunidos en la Casa de la Misericordia. Al aumentar su número sensiblemente a medida que se desarrollaban los combates, los enfermos y heridos civiles son trasladados al pequeño Hospital de Convalecientes, donde se instalará definitivamente el actual Hospital de Nuestra Señora de Gracia.

   A pesar de los rigores y escasez de alimentos por la guerra, el Padre Bonal consigue ropas, medicinas y comida para sus refugiados gracias a su labor limosnera. En esta situación llegamos al Segundo Sitio hasta la rendición de la ciudad y los años de la ocupación, con una población exhausta y enferma y una ciudad asolada y en ruinas, cubierta de cascotes y cadáveres insepultos que son foco de una tremenda infección, y con gran parte de su población prisionera.

   Si durante los combates atendía en los improvisados hospitales a todos los que lo necesitaban, lo mismo hizo con la entrada de los franceses que mandaban presos o al exilio a todos aquellos que no hacían el juramento al Rey Intruso José Napoleón. A éstos les proporcionaba pan, vestidos y calzado, prometiéndoles su libertad y administrando los sacramentos a los condenados a muerte que por toda culpa tenían el haber defendido su ciudad y su familia. Asiste también a los prisioneros enfermos que fueron abandonados a su suerte en Torrero en las afueras de la ciudad y que se encontraban en condiciones infrahumanas y olvidados por las tropas de ocupación. Es tal la gravedad de la situación que la “Sitiada” decide hacer una gran colecta por la ciudad poniendo al frente de ella al Padre Bonal, que tan felices resultados había logrado durante la guerra, para paliar las necesidades más elementales de estos prisioneros. La Dirección General de la Policía concede el oportuno permiso y los frutos logrados son ingentes, pero en contra de su parecer, no se destinan a los prisioneros sino que se da preferencia a los enfermos del Hospital, pues ponen al frente de la administración de los donativos a un miembro de la Junta que hace de “Gestor” de los mismos.

   Con la entrada de los franceses se había producido la lógica organización de la ciudad y de sus instituciones, según los dictámenes del “Virrey de Aragón”, el Mariscal Suchet. Será el propio obispo de Zaragoza, el afrancesado Padre Santander quien disponga se establezcan las nuevas condiciones para la formación de la “Hermandad de la Caridad”, frustrando así la idea del Padre Bonal de formar una congregación religiosa de tipo apostólico e independiente, y quedando la Hermandad sometida a la autoridad de la “Sitiada”. En 1813 se nombra un nuevo director, un fraile ex franciscano director del Seminario de San Carlos llamado Miguel Gil, obviando así por completo al Padre Bonal. Esta situación no cambiará con el cese de la “Sitiada afrancesada” tras la liberación de la ciudad.

   La “Sitiada” manda al Padre Juan Bonal a la recogida de donativos y alimentos por todo Aragón. Como ya había demostrado de qué era capaz, recorrerá todo el país a lomos de su caballo, enviando comida, dinero y ropas para el Hospital. A él le exigían una minuciosa administración reclamándole hasta el último maravedí pero por el contrario hacía más de tres años que no recibía su escaso salario; sin embargo no por ello dejó de realizar la dura misión encomendada. El Padre Juan será el mejor embajador de los pobres durante más de veinte años, recorriendo los caminos de la empobrecida España, recabando ayudas y administrando sacramentos allí donde no llegaban los auxilios parroquiales. Nunca llegó a perder la relación con sus queridas “Hermanas de la Caridad”, ni con la Madre Rafols, pues mantuvo una abundante correspondencia con las superioras, ya que ellas le reconocían como verdadero fundador de la Orden.

   Inclusive durante el llamado “Trienio Liberal“ ayuda y socorre, buscando acomodo a los sacerdotes exclaustrados por las desamortizaciones y venta de bienes eclesiásticos, aprovechando las influencias que había logrado con su generosidad. En uno de sus innumerables viajes, en 1829, cae gravemente enfermo retirándose a descansar e intentar restablecerse en el Santuario de Nuestra Señora del Salz (Zuera), lugar de gran tranquilidad y al que le gustaba acudir para refugiarse de las penurias de sus viajes. Enterado el Hospital de su estado, manda a uno de sus médicos con una Hermana de la Caridad para intentar su curación; allí acuden las Hermanas de Huesca para darle consuelo, como él hizo en tantas ocasiones, acompañándole en sus últimos días.

   El Padre Bonal es consciente de su próximo fin y dicta su testamento ante el párroco de Zuera dejándole “unos pocos duros y sus libros” y disponiendo que “se le celebre una misa a San José”. Quiso enterrarse en Zuera pero debido al ruego de las Hermanas decide de palabra “que estaría gustoso que su cuerpo fuese sepultado en el Santo Hospital de Zaragoza”, como así se realizó. Muere el 19 de agosto de 1829 y es enterrado junto a la Madre Rafols, que había muerto poco tiempo antes, en la cripta del Hospital de Gracia. A los cien años de su muerte el pueblo zaragozano quiso reconocer su labor caritativa y le erigió una lápida en su honor, que hoy en día se encuentra junto a su sepulcro, en la iglesia de la Casa General y Noviciado de las Hermanas de la Caridad de Santa Ana, donde sus restos fueron trasladados el 20 de octubre de 1925, dejando una placa en la iglesia del Hospital que recuerda este hecho. En la calle Madre Rafols y dejando atrás el antiguo Cuartel de Sangenís (Pontoneros), encontramos una pequeña glorieta recientemente remodelada, en el arranque de la calle Alexander Fleming. De hecho, esta última llevó el nombre de “Mosén Juan Bonal” entre el 2 de abril de 1943 y el 3 de octubre de 1970, cuando un acuerdo municipal decidió que “deberá desaparecer el nombre de Mosén Juan Bonal hasta que la Delegación de Cultura de este Excmo. Ayuntamiento estime dárselo a otra vía de la Ciudad”. Pues bien, con fecha 2 de abril de 2007, nuestra Asociación solicitó formalmente la asignación de tal nombre a esta nueva glorieta; las gestiones van por buen camino.